Hola Jokuto, gracias por tu aportacion, probe tu codigo y me permitio ocultar el contenido de los elemetos, pero mi intencion era eliminarlos, creo que de esa forma no podria eliminar los elementos

, lo consulte con un amigo y me dio esta solucion

:
<script>
function BorrarBOX(){
var container=document.getElementById("BoxContenedor") ;
var capas=container.getElementsByTagName('div');
var aux=parseInt(capas.length/2);
for (i=0;i<aux-1;i++){
if(capas.item(2).id!=""){
container.removeChild(capas.item(2));
}
}
}
</script>