Si esta escrito correctamente no debería haber diferencia, si no has definido un listener para el evento "load" o mejor aún, cuando el DOM este listo, entonces si habrá diferencia ya que si importas tu script en el head, todavía no existirá el DOM que posiblemente necesite usar.
Como te dije al principio, no debería haber diferencia, si la hay es porque el código necesita ser revisado
Saludos