lo que sucede, es que el archivo PHP se interpreta... y pasa por un parser, este puede alterar la codificación propia de algunos caracteres...
que, como tu dices... si el archivo es
UTF-8 y especificas el
charset como tal no debería haber problemas, sin embargo, en caso de problemas aún puedes contar con funciones como:
http://php.net/utf8_encode http://php.net/utf8_decode
quizá alguna te ayude... ;)