Si quieres controlar lo que hace un usuario con los archivos en su ordenador, olvídate. Es que eso no se puede hacer ni siquiera en flash ni cosas asi. La única manera de hacer eso es meter una especie de virus que monitorizase todo en cada ordenador, y eso amigo, es ilegal =D
Si lo que quieres es llevar un registro de los archivos que se bajan pudes añadirles algo a la dirección que te ayude, es decir, por ejemplo para descargarse el archivo hola.doc
en vez de poner <a href="hola.doc">Descargar</a> pues poner <a href="descarga.php?archivo=hola.doc&link=14">Desca rgar</a>. Y el archivo php comprueba que existe ese archivo y que es accesible. REPITO. COMPRUEBA que existe y que es accesible porque a ver si ahora con eso metes un hueco de seguridad. El Archivo php comprueba, lee el documento, crear las nuevas entradas de registro en la base de datos y envia el contenido del document.
Si lo vas a hacer ten cuidado de que la etiqueta <?php ?> estén al principio y al final de cada archivo, incluyendo los que metas por include(); Si no se generarán espacios en blanco que te pueden fastidiar la codificación binaria del archivo quie están enviando.