Hola, la expresión regular . no reconoce los terminadores de línea, para que lo haga tienes que usar el flag DOTALL (ver http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/regex/Pattern.html#lt)
Podrías hacerlo así:
Código:
Pattern p = Pattern.compile(".*de.*", Pattern.DOTALL);
Matcher m = p.matcher("Prueba\n de pattern");
System.out.println(m.matches());
Un Saludo.