site:tudominio te refleja el número de páginas de tu web que conoce el buscador, en tu caso, Google conoce 821 páginas de tu web.
Link:
www.tudominio te refleja el número de enlaces entrantes que el buscador conoce de tu web. Este índice tarda mucho en actualizarse (si lo buscas en altavista.com podrás ver un número de enlaces entrantes más aproximado al real, ya que este índice en este buscador se muestra más rápido).
Que Google no muestre el resultado del comando link actualizado no quiere decir que no sepa los enlaces entrantes que tiene tu web, de hecho los conoce y los tiene en cuenta. Solamente que no muestra actualizado el comando Link, tarda muchísimo tiempo.