tienes eliminada esta propiedad en el theme.
<div class="page-navigation clear-block">
por tanto no esta ejecutando la navegacion.
fijate que en el style.css esta llamandola
/* PAGE/COMMENT NAVIGATION */
Esto viene desde la version 2.3 y noto que tienes la 2.4, pero en tal caso trata de adaptarla.
Nota: Trata de evitar utilizar el wp-pagenavi ya que te suma una hoja de estilo mas para cargar.
Pero si de cualquier modo deseas el wp-pagenavi solo inserta el codigo del plugin entre la propiedad
<!-- page navigation -->
<div class="page-navigation clear-block">
<?php wp_pagenavi(); ?>
</div>
<!-- /page navigation -->