Ya resolví el problema que no me dejaba subir archivos:
Cita: <- STOR index.php
-> 553 Could not create file.
La solución era una total bobada, lo pongo por si alguien en el futuro lo necesite.
Entra al SSH y escribe el comando: chown -R USUARIO /home/dominio/html
donde USUARIO es el nick de la cuenta del FTP y el (/home/dominio/html) es la direccion donde entra al FTP.
Ahora todavia no me reconoce las cosas que subo al FTP, es como si lo estuviera subiendo a la carpeta equivocada como lo indica
WebTech pero no le veo el error.
En la seccion de Servidor Web Apache he creado un Servidor Virtual con Raíz para Documentos /home/nemuhost/html.
Pero el Servidor por Defecto viene: Raíz para Documentos /var/www/html no se como modificar eso ni como arreglar ese pequeño problema :(
La web es www.nemuhost.com (No se asusten, no voy a vender hosting, solo compre ese dominio para tenerlo como DNS).