Suponiendo que tus input sean:
Código HTML:
Ver original<input type="file" name="sube[]" /> <!-- Nótese los [] en el nombre del campo -->
podrías hacer algo así:
Código PHP:
Ver originalfor($i=0;$i<5;$i++){
$archivo=$_FILES['sube'][$i]['name'];
mysql_query('INSERT INTO tutabla (ID,campo) VALUES (\''.$archivo.'\',\'otrovalor\')'); }
Es solo un ejemplo, claro, para subir 4 archivos, sin validaciones ni está optimizado.
También se toma en cuenta que en la descripción de tu problema tomas como ID el nombre de archivo, usualmente ID corresponde a un número entero único.