Hola, bueno, no se si te refieras a que la animación aparezca a pantalla completa en el navegador, de ser así tienes dos opciones:
1.Mandar llamar directamente al swf con una liga, entonces lo abrira sin necesidad de usar un html para mostrarlo y se adaptará al tamaño de la ventana.
2. Si las características de tu sitio no te permiten hacer eso, puedes cambiar los valores de width y height del swf en tú código fuente del html que manda llamar al flash, y en lugar de poner un valor absoluto, le pones un valor relativo, es decir con porcentajes, algo así:
Con esto harás que se adapte del mismo modo al tamaño de la ventana. Lo bueno de estas dos opciones es que siempre se mantendrá la proporción de tu animación. Aún cuando cambies el tamaño de la ventana.
Pruébalo y nos avisas.
Saludos desde México.