Cuando pones el objeto flash en la pagina dentro de sus propiedades lo puedes agregar, por ejemplo:
Código ASP:
Ver original<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="32" height="32">
<param name="movie" value="archivo.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="Wmode" Value="Transparent"/>
<embed src="archivo.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="32" height="32"></embed>
</object>
Es simple, solo mira esta linea
<param name="Wmode" Value="Transparent"/>