AYUDA necesito hacer 5000 querys en un proceso, es viable?

[gnzsoloyo]

No hay una única solución y plantear una sin conocer cómo son las tablas implicadas, qué datos hay en ellas, y qué determina la inserción o la actualización, es hablar francamente en el aire.
Aún así, yo me plantearía:
1) Crear una tabla temporal donde volcar en un sólo paso el contenido completo de la tabla de Excel, posiblemente usando un archivo .CSV.
2) Analizar cómo crear una consulta que me devuelva la totalidad de los registros que sólo se deben insertar.
3) Analizar cómo crear una consulta que sólo deba actualizar la tabla destino.

Esto, que parece simplista, es bastante sencillo y podría realizarse (dependiendo de qué es lo que hay que recuperar de la tabla Excel) con algunas consultas bien elaboradas.