Se me ocurrio esto, asumiendo que tu formulario tiene un nombre llamado: formulario.
   Código PHP:
    <script>
        function checkear(){
            if(document.getElementById('nombre').value==''){
               alert('Debe ingresar su nombre');
               return false;
            }
if(document.getElementById('direccion').value==''){
               alert('Debe ingresar su Dirección');
               return false;
            }    
            if(document.getElementById('email').value==''){
               alert('Debe ingresar su E-mail');
               return false;
            }    
            if(document.getElementById('empresa').value==''){
               alert('Debe ingresar su Empresa');
               return false;
            }    
            if(document.getElementById('telefono').value==''){
               alert('Debe ingresar su Teléfono');
               return false;
            }    
            if(document.getElementById('comentarios').value==''){
               alert('Debe ingresar un comentario');
               return false;
            }
        } else {
            document.getElementById("formulario").readonly=true;
             window.open("ventana_emergente.html,width=700,height=500")
        } </script> 
   
  
Y sino me equivoco en este metodo de validacion, se utiliza despues de todos los return false; 
al final un return true;