el archivo puede ser php pero en realidad la etiqueta <script> no va leer código php. el punto es que se utiliza php para generar código javascript. también se pudiera usar la extensión .js pero entonces hay que configurar el servidor para que php analice el documento en caso de tener código php. de ahi que hay ocasiones en que la extensión del archivo sea .php. por eso hice la aclaración de que el documento tiene que cumplir las dos condiciones.
@edit, mira este artículo
generate javascript files with php