PHP + MySQL + phpMyAdmin en Server 2003

[after]

ummm tiempo atras me pasaba lo mismo y no me acuerdo si lo solucione. xD
Pero tratemos.
Primero desinstala el MySql.
Después ve /Archivos de programa(program files)/Mysql (creo que así iba el directorio de mysql) y eliminalo.
Creo que en C:/Mysql se crea otra carpeta, no lo recuerdo bien. si es así eliminala también.
Cerciorate el que el servicio de Mysql se halla quitado (Si todavía sigue intenta con : "C:\mysql\bin\mysqld --remove")
Vuelves a instalar el mysql esperando que la contraseña no te de problemas.
Si te sigue dando problemas intenta lo siguiente:

Paramos el servicio : net stop mysql
Ejecutamos desde el directorio bin: mysqld --skip-grant-tables --user=root
Desde otro teminal, también desde el diretorio bin: mysql -u root
accedemos automáticamente y sin necesidad de contraseña a mysql
Ejecutamos: mysql> UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('contraseña')

-> WHERE User='root';
y después mysql> FLUSH PRIVILEGES;
Salimos del editor mysql: mysql> exit;
Desde el administrador de tareal paramos mysql, el proceso se llama mysqld.exe
Y Volvemos a arrancar el servicio desde un terminal: net start mysql.

Me cuentas como te fue.