Hola j-diego:
No entiendo bien tu pregunta.
Si desde index.html vas a cargar todas las seccione de tu página, los .swf correspondientes tienes que publicarlo como HTML.
Otra forma de hacerlo y es la más conveniente sería colocar en la película principal(index) un MC_vacío con nombre de instancia, por ejemplo:
mis_secciones
y con cada botón vas cargando las películas que contengan cada sección con el siguiente código:
Código actionscript:
Ver originalon(release){
mis_secciones.loadMovie("nombre_seccion.swf");
}
A todos los botones el mismo código con sólo cambiar el nombre de la sección.
Espero haberte sido de ayuda.