Problema al llamar a un archivo incluido por mi

[rogertm]

Supongo que tengas la carpeta js dentro de la raíz de tu theme, entonces lo que debes hacer es llamar esos archivos usando la función bloginfo(), algo así:

Código PHP:

<SCRIPT type="text/javascript" src="<?php bloginfo('template_url'); ?>/js/script.js"></SCRIPT>
 

Saludos...