Oh, pues, solo es cuestión usar el flag [OR]. La razón es que si no lo usas le estás diciendo apache que debe mostrar aquellos que cumplan con midominio y
www.midominio a la misma vez. Eso es imposible, por eso se usa el flag OR para indicar que sea aquellos que vienen de midominio o
www.midominio. Ya tienes la idea. También podrías colocar el htaccess en los directorios que no quieres que se muestren.