Si al cambiarlo de ruta empieza a funcionar mal, mi primera sospecha sería que no estás modificando la ruta al archivo que tiene las clases. ¿No se genera ningún error al hacer el include?
Podés probar con
require para que se produzca un error fatal en caso de no encontrar la ruta.
Espero haber ayudado.
Saludos,
Pablo