Hola carloshs19, primero comentarte que con aplicaciones web no debes compilar DLL, a menos de que las hayas creado fuera del proyecto.
Hay dos formas de publicar:
1- Dandole click derecho al proyecto y diciendole publicar.
2- Creando una carpeta dentro del wwwroot de iis y pegando hay los archivos de tu aplicacion.
Luego debes convertir esa carpeta a un directorio virtual
http://www.beansoftware.com/asp.net-...y-asp.net.aspx