para migrar la estructura de la DB nunca use un programa, lo que hice fue hacer mi programa para migrar datos, ya que en mi caso la DB fue reestructurada.
Lamentablemente no te puedo recomendar una app porque nunca use una
No se que tamaño tendra tu DB como para recrear la estructura a mano y optimizarla para el motor que elijas.
podes ver
ACA
Saludos!