¿Este Javascript impedirá hacer visible mi página en los motores de busqueda?

[zero zen]

No afecta en lo más mínimo. Esa sentencia es absolutamente común en muchas webs y es ignorada por los buscadores. Cuando se usaban frames como método estandar para hacer las páginas, la index siempre llevaba ese código porque si no, al llamarla desde un marco quedaba circunscripta al mismo y no a toda la página.