el punto es que tienes 3 selects dependientes:
articulos depende de subrubros =
entonces subrubros al cambiar(onchange) debe de actualizar por completo el select articulos (
aqui necesitas una función XAJAX)
subrubros depende de rubros =
esta función ya la tienes,
lo que no tiene es que debes de reconstruir artículos: porque si rubros hace cambiar a subrubros, subrubros debe de cambiar articulos.
conclusión:
-tu primera función xajax debe de vaciar artículos también
-la segunda función que actualice artículos debe ser llamada al onchange de subrubros
en definitiva:
artículos depende de subrubros, pero también de rubros
subrubros sólo depende de rubros
espero haberme dado a entender, nos vemos mañana si todavía tenes dudas, suerte