Recuerda que los directorios donde se va a escribir el archivo convertido deben tener permisos de escritura.
También puedes probar capturando la salida del comando exec:
Código PHP:
Ver originalexec($ffmpegPath." -i ".$srcFile ." -ar ". $srcAR." -ab ".$srcAB ." -f flv -s ".$srcWidth."x" .$srcHeight." ".$destFile,$result);
para ver que está ocurriendo.
igual puedes probar con la función
system.