No me parece tan estupida la pregunta sinceramente... Según lo que yo tengo entendido, no cambia en nada hacerlo de una forma u otra. O sea, php lo que hace es reservar ese lugar en memoria con referencia al número 5000 o al 1 en el otro caso. Es como que a ese lugar "le pone el nombre" que le pasas en el array; pero no reserva los 4999 lugares anteriores!
Espero haber ayudado
Saludos.