Si no te aparece, es que estas modificando el index que no es. En el Gestor de Plantillas puedes entrar a tu plantilla y modificar directamente el index.php de la plantilla que estas utilizando.
O prueba instalar este modulo que te permite introducir el codigo:
http://extensions.joomla.org/extensi...analytics/1233
O este Plugin que es mas sencillo
http://extensions.joomla.org/extensi...analytics/6170