Cita: al momento de darle doble clic aparece una ventanita que pide usuario y contraseña.
Si te pide mediante una ventana usuario y password obviamente estamos hablando de una aplicación cliente que ya es propia del programa, (independiente a net)
Resumen - no se puede de forma directa
En cambio si es un proceso que recibe parámetros como argumentos ahi si se puede,
ejemplo:
notepad c:\archivo.txt
winword c:\archivo.docx
Saludos