¿Cómo se hace para que una web de flash cargue más rápido?

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Los archivos necesarios para visualizar el sitio web según lo que expones son Index.html y el archivo swf. El .fla no es necesario para visualizar el contenido pero es imprescindible para editarlo.

Puedes buscar información sobre como precargar contenidos flash (preload flash). Normalmente se hace con un movieclip que se carga antes del contenido mostrando un porcentaje de carga haciendo esperar al usuario.
Otra solución si el archivo pesara mucho sería separar la animación flash en varios archivos swf (por secciones del sitio web...) que serían cargados a medida que se necesiten mediante un archivo swf que actúe como cargador o como el esqueleto del sitio (por ejemplo un archivo swf que contenga un preloader y el menú para llamar a los otros archivos swf del sitio web).