Pero, si haces un include() en PHP, lo que estás intentando hacer es incluir código PHP externo dentro de tu propio código, en tiempo de compilación. Y ahí tienes un problema más: no creo que le guste al intérprete de PHP leer código Perl :)
Lo que tienes que hacer es llamar al cgi desde el código PHP en tiempo de ejecución, como si solicitaras una página web cualquiera. Puedes usar la librería
cURL en PHP, por ejemplo.