Un sript para pausa

[Rafael]

Hola a todos, necesito un script para provocar una pausa antes de ejecutar una función if, para darle tiempo al usuario. Estoy probando con un:

function Pausa {
for (var i=0; i < 1000; i++;)
if...{...}
else...{...}
}

pero de todos modos se ejecuta inmediatamente el if. ¿Tendré que tener el if fuera en otra función?.

Gracias.