A este ejemplo sencillo le agregue un loop al inicio, cuyo resultado se muestra en el pdf sin problemas.
Código PHP:
require('fpdf.php');
/////////////////////////////////////
/////// esto fue agregado ////////
for($i=0; $i<10; $i++){
$num += $i;
$prueba = "Almacenado: ".$num;
}
//aqui podria ir tu consulta a base de datos
//pero si la misma da error el pdf no se generara.
/////// esto fue agregado ////////
/////////////////////////////////////
$pdf=new FPDF();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
//AQUI AGREGAMOS $prueba, que se mostrara en la salida
$pdf->Cell(40,10,$prueba);
$pdf->Output();
Revisa tu consulta a db por separado: quiza este con algun error.
Y a la funcion (a esta) le faltan cosas...
Código PHP:
function Conectarse()
{
if (!($link=mysql_connect("xxxxx","usuario","clave")))
{
}
if (!mysql_select_db("nombre_bd",$link))
{
}
return $link;
}