Saludos
Bueno, pues como en efecto lo dices tú mismo, al ser por referencia ellas apuntan al mismo contenido EN EL PUNTO DONDE ESTAN (it means that $a and $b point to the same content. 'extraido del link que pasaste') , es decir, que si dentro de la función pones esto
en ambos casos verás 2, pero luego que salen de la función, al estar por referencia y no por valor, las variables conservan sus valores originales
espero se te aclare
saludos