me imagino que zend framework al igual que otros como symfony te crean una carpeta de publicación cuyo objetivo es colocarla como el document root y así no puedan acceder a la configuración, si colocas todas las carpetas del proyecto en tu document root por supuesto que es asequible.
para ello o se cambia manualmente el dcument root, o se configura en apache un host virtual exclusivo para el proyecto, ejemplo en symfony:
Código Apache:
Ver originalNameVirtualHost *:80
<VirtualHost *:80>
ServerName www.proyecto1.sf.com
DocumentRoot "c:/symfonyproyects/pro1/web"
DirectoryIndex index.php
Alias /sf "C:/xampp/php/PEAR/symfony/web/sf"
<Directory "C:/xampp/php/PEAR/symfony/web/sf">
AllowOverride All
Allow from All
</Directory>
<Directory "c:/symfonyproyects/pro1/web">
AllowOverride All
Allow from All
</Directory>
</VirtualHost>