Bueno leyendo un poco mas creo que si necesitamos un buen motor de busqueda y a su vez mantener la integridad de nuestra BD y poder usar transacciones, le mejor opciones InnoDB + algun motor de busqueda externo.
Estos motores de busqueda pueden ser:
http://sourceforge.net/projects/clucene/ http://xapian.org/ http://www.sphinxsearch.com/
De hecho muchos recomiendan utilizar estos motores externos aun con MyISAM ya que funcionan mucho mejor que las busquedas con FULLTEXT.
Una desventaja importante de MyISAM en base de datos muy recurridas, es que MyISAM bloquea TODA la tabla en la que esta trabajando, asique si varios usuarios desean escribir en la misma tabla van a tener que esperar. Con InnoDB esto no pasa porque InnoDB solo bloquea LA FILA que esta modificando, dejando libre el resto de la tabla.
Podríamos cerrar el debate eternamente diciendo que SIEMPRE conviene usar InnoDB y que en el caso de necesitar ademas un buscador conviene agregar uno externo? que opinan?
PD: usuarios que usan InnoDB:
Flickr
Habbo
Second Life
Google en algunas aplicaciones
Wikipedia?? :o
http://www.innodb.com/wp/products/innodb/users/