Para pasar antivirus puedes usar alguno que arranque desde CD, por ejemplo
Kaspersky Rescue Disk o sacar el disco duro de tu equipo y conectarlo en otro como secundario para poder analizarlo con un antivirus.
Además de virus otra posibilidad es que el disco duro empiece a fallar y tenga sectores defectuosos o con un tiempo de acceso mayor de lo habitual, para verificar el estado del disco puedes iniciar el ordenador desde un CD con la utilidad de comprobación del fabricante del disco duro (por ejemplo
Seatools for DOS para discos duros del fabricante Seagate).