Bueno el ISA server en su instalación te ofrece 3 opciones:
1- Instalar solo la cache de proxy
2- Instalar solo el modulo de firewall
3- Una instalación integrada de los dos modulos anteriores
En principio por el resultado del scaneo de puertos parece claro que la funcionalidad de firewall no la tienes instalada. Eso tiene fácil solución
.
Una vez que hagas esto, solo tendras abiertos los puertos correspondientes a los servicios que publiques, en tu caso servidor web, mail, etc.
No es el mejor software para implementar firewalls del mercado, pero bien configurado puede desempeñar buen papel.
Por ultimo comentarte que no es muy buena idea que el ISA server este instalado en un controlador de dominio (deberia estar detras, aunque bueno...no siempre tenemos todos los recursos deseables a mano), y por si alguna persona que lea este post tiene un servidor dns publicado a traves del ISA, recordarle que ha aparecido una vulnerabilidad que puede ser explotada produciendo negación de servicio del servidor dns. Seguramente los interesados ya estaran al corriente, pero nunca está de más recordarlo
Un saludo y espero haber resultado de ayuda