Hola,
Para web "modulares" estilo nuke quizas te sirva la "arquitectura" fusebox
http://www.phpbuilder.com/columns/bill19990831.php3 . Es un articulo viejo y la arquitectura estaba originalmente pensada para ColdFusion, pero leerlo no creo que te haga ningun mal.
Y yo tampoco he oido lo de diagramas de navegacion (quizas los he usado sin saberlo). Si sabes el "concepto", dilo. Quizas lo conozco con otro nombre.
Saludos.