Cuando quieras colocar archivos que no quieres que se descarguen directamente, puedes colocar los archivos fuera del directorio que muestra el contenido web. Es decir vamos a suponer que estoy trabajando localmente. Para acceder a una página web coloco en la barra de direcciones
http://localhost/ eso físicamente me lleva al directorio htdocs o www o el nombre que hayas colocado al directorio que usaré para mostrar contenido web. Si yo deseo guardar la configuración del servidor o algún archivo que no quiero que se descargue directamente porque deseo que lo vean en mi página web.
Lo que puedo hacer es colocar el archivo fuera del directorio que muestra el contenido web (htdocs, www, etc) y llamo su contenido con algún lenguaje que corra en el servidor usando, como por ejemplo PHP, usando include o require. De esa forma no podrán bajar el contenido porque no está indicado en el directorio que hace publica la información en la web.