Me alegra saber que lo has podido solucionar.
Por si alguien más se encuentra con el mismo problema el proceso más simple, si no estoy equivocado, es traspasar las carpetas de un perfil a otro, a ser posible teniendo la misma versión de Thunderbird.
¿Cómo migrar de Thunderbird Portable a Thunderbird sobre Ubuntu?- Abrir Thunderbird en Ubuntu para que cree la carpeta del perfil y otros archivos básicos.
- Cerrar Thunderbird en Ubuntu
- Copiar el contenido de:
portableapps\thunderbirdportable\data\profile
a
~/.thunderbird/xxxxxxxx.profile
(donde ~ representa el directorio del usuario; xxxxxxxx se ha de sustituir por los caracteres correspondientes a la carpeta del perfil creado por Thunderbird en Ubuntu )
Puede haber algún problema con plugins que no sean compatibles en ambas plataformas, pero en general no debería haber muchos más inconvenientes.