la razon por la que no se invoca
countCheckboxes es porque estas sobreescribiendo el evento. es decir, en primera instancia el evento esta registrado como atributo. pero luego, en la funcion
CheckCookies estas registrando el mismo evento pero con instrucciones distintas. ¿que puedes hacer? en lugar de registrar el evento como atributo, agrega la invocacion de
countCheckboxes en la registracion del evento dentro de la funcion
CheckCookies.
Código:
element.onclick = function(){
// aqui invocas countCheckboxes;
// el resto de las instrucciones;
}