Normalmente con Thunderbird basta con copiar la carpeta de tu perfil (posiblemente ubicado en C:\Documents and Settings\t
suario\Application Data\Thunderbird) en la ruta correspondiente en Ubuntu (/home/t
suario/.thunderbird o ~/.thunderbird). Si en Windows tienes una versión de Thunderbird inferior a la de Ubuntu por precaución (por si eso puediera generar alguna incompatibilidad) es mejor actualizarla antes de copiar los datos del perfil de windows a ubuntu.
Antes de sobreescribir carpetas haz una copia para poder volver sobre tus pasos en caso de que lo consideres necesario.