los modulos se publican de acuerdo a los menus que los hayas asignado. lo que pasò es que al borrar tu menu, esos modulos quedaron en el aire, anda alos modulos que no aparecen, ingresa a las configuraciones y busca: asignación de menús, pulsa toso, o selecciona los items de los menus que desees.
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Entendiendo el Layout de Joomla