No entendí =/
Pero si entendí algo, primero.
Que panel de control usas?
por qué asocias un dominio sobre otro dominio?
ummmmm
Dentro del hosting para el dominio miotraempresa, los archivos son alojados en la carpeta
www.miempresa.com/hosting/otraempresa?
Se más claro de como organizas los dominios y con tu pregunta.