Puedes calcular el CRC de los ficheros para diferenciarlos. Se supone que cada uno lo tendrá diferente.
He estado mirando pero solo he encontrado este código que calcula el CRC de una cadena.
Te puede servir para , aunque no se si el proceso es rapido o lento. Quiza si los ficheros son muy grandes y son muchos el proceso se vuelva muy pesado para comparar todos.
http://www.hilpers-esp.com/484926-calcular-checksum
Puedes copiar la función CRC, la sub CRCUpdate y la función rightShift y usarlas tal que:
CRC1=CRC(strFichero,True)
Donde CRC1 es un string que recibe el CRC calculado sobre el string strFichero que contendría todo el fichero a comparar (o la zona que quieras tú cargar).
Saludos