Si siempre vas a usar los mismos colores yo creo que lo mejor es usar clases css:
Código PHP:
<?php
mysql_connect("localhost","user","pass");
mysql_select_db("db");
$result=mysql_query('select * from usuarios' );
?>
<td colspan="2"><table align="center">
<tr>
<th>id</th>
<th>name </th>
<th>address</th>
</tr>
<?php
$cont=0;
while($row=mysql_fetch_assoc($result)){
if($cont%2==0){ echo "<tr class='clase1'>"; }
else{ echo "<tr class='clase2'>"; }
$cont++;
echo "<td>".$row['id']."</td>";
... // Aquí va el resto de los campos
echo "</tr>";
}
?>
En este caso irá alternando en los <tr> las dos clases (puedes añadir cuantas quieras) y solo te quedaría definir en el css los colores.
EDIT: el % es un porcentaje