Estuve investigando y es algo complicado actualizar php a mano se corre el riesgo que no funcione bien y no puedo instalar otro servidor porque ya el sistema esta funcionando y su base de datos es grande. Coloque este codigo pero no todas las horas me las muestra correctamente.
Código PHP:
//Separo Años,Mes,Dia,Hora,Minuto,Segundo en arrays
$fecha_a = substr($actual,0, -9);
$hora_a = substr($hora,11);
list($año_a,$mes_a,$dia_a) = explode("/",$fecha_a);
list($horas, $minutos, $segundos) = explode(":", $hora);
//Obtengo fecha almacenda en DB
$fecha_db = $empezo;
//Separo Años,Mes,Dia,Hora,Minuto,Segundo en arrays
$fecha_d= substr($fecha_db,0, -9);
$hora_d = substr($fecha_db,11);
list($año_d,$mes_d,$dia_d) = explode("/",$fecha_d);
list($horasin, $minutosin, $segundosin) = explode(":", $horainicio);
//Ahora resto ambas horas
$hora_total =floor($horas-$horasin);
$minuto_total =floor($minutos-$minutosin);
$segundo_total = floor($segundos-$segundosin);