Me lo imaginaba :D pk esta mal escrito tu SQL pero la idea es que te des cuenta por que...
Código PHP:
//Este es el malo
$sql = "SELECT * FROM estudiante e, inscripcion_est_doc ins,programas pro WHERE e.Cod_Est = ins.Cod_Est AND e.Cod_Programa = pro.Cod_Programa; ".$filtro.";";
//Este deberia funcionar
//Fijate que no necesita el punto y coma y tambien que tienes uno despues de pro.Cod_Programa
$sql = "SELECT * FROM estudiante e, inscripcion_est_doc ins,programas pro WHERE e.Cod_Est = ins.Cod_Est AND e.Cod_Programa = pro.Cod_Programa ".$filtro;
Suerte!
