Entonces cambia tu linea de la consulta por esto:
Código PHP:
$sql = "SELECT * FROM estudiante e, inscripcion_est_doc ins,programas pro WHERE e.Cod_Est = ins.Cod_Est AND e.Cod_Programa = pro.Cod_Programa; ".$filtro.";";
$result = mysql_query($sql) or die("Error de la consulta: ".mysql_error());
Lo que dice tu error es que el argumento enviado a la funcion mysql_num_rows() no es valido.
Suerte!
