Fulltext search por varias tablas

[jurena]

Antes de seguir, ¿cómo harás para asignar dos autores a un libro, y tres? Necesitarás una tabla más, autorlibro (su propio id auto_increment, autoId FK y libroId FK), y sacar autoid FK de la tabla libros.
Lo otro que preguntas es fácil, creo, de resolver. Pero debo hacerte algunas advertencias. La primera es que si estás usando InnoDb como motor, no podrás hacer índices full text. Otra cosa, y por aquí parece ir tu pregunta, es que no puedes hacer un índice full text de dos campos de tablas distintas. Pero eso no supone un problema: te bastará con unir las dos consultas con OR. Primero cruzas las tablas con los INNER JOIN que necesites, y luego haces la consulta.
SELECT... INNER JOIN ON... INNER JOIN ON ... WHERE MATCH(indicecampotabla1) AGAINST('dato1') OR MATCH(indicecampotabla2) AGAINST('dato1')
Esta es la idea.