No logro ordenar un campo de una consulta de dos tablas.

[jurena]

Prueba con esta consulta. Primero ordeno descendente dentro de la subconsulta por el campo note_id, y luego selecciono agrupando por contac_id.
SELECT t1.cid, t1.clast, t1.cnote, t1.cnid FROM (SELECT contacts.contact_id cid, contacts.contact_last clast, notes.note_text cnote , notes.note_id cnid FROM base.contacts INNER JOIN base.notes ON contacts.contact_id = notes.note_contact ORDER BY notes.note_id DESC)T1 GROUP BY T1.cid;